El lloc d’Urtx s’esmenta ja en el segle XI quan esdevé un feu dels comtes de Cerdanya. L’any 1081 Bernat, fill de Bernat II de
Cerdanya i de Conflent, i germà del vescomte Ramon II de Cerdanya, adopta el títol de vescomte d’Urtx. El Llinatge dels Urtx posseí la senyoria d’Urtx amb el terme de Queixans i la senyoria de la vall de Toses.
Un personatge notable d’aquesta nissaga fou Pere d’Urtx, bisbe d’Urgell (1269-93), el qual signà els pariatges d’Andorra. El seu germà, Ramon II d’Urtx, rebé del rei En Jaume de Mallorca totes les jurisdiccions d’Urtx, llevat la pena de mort. En Ramon II fou el pare d’Hug de Mataplana, el qual, casat amb Sibil.la de Pallars, fou tronc de la terera dinastia dels comtes de Pallars.
Vers el 1316 la senyoria d’Urtx pervingué al rei. Després fou posseïda per diversos senyors, com ara el vescomte de Castellbó el 1359. El 1560 pertanyia al Col·legi de Preveres de Santa Maria de Puigcerdà. Al s. XVII-XVIII tenim enregistrada a la baronia d’Estoll, Mosoll i Escadarcs.
Amb el Tractat dels Pirineus, l’any 1659, els pobles d’Urtx i Queixans queden a la banda espanyola de la nova frontera.
L’evolució del poblament segueix diferents alts i baixos. El 1365, entre Urtx i Queixans sumen 41 focs, però van perdent habitants fins a la fi del segle XVI.
Al llarg dels s. XVII i XVIII es produeix un augment en la demografia fins a arribar a tenir, només el terme d’Urtx, 478 habitants el 1859. Després, un nou descens fins ben bé l’any 1950, quan es quedà amb 265 habitants.
A partir de la unió dels dos municipis, el poblament ha anat augmentant fins als nostres dies. El terme està format pels antics municipis d’Urtx (15, 12 km²) i de Queixans (13,52 km), fusionats el 1969 i anomenant-se Fontanals de Cerdanya per tal que no prevalgués cap topònim dels antics respecte als altres. Del primer, provenen els pobles o nuclis d’Urtx, El Vilar d’Urtx (capital del municipi actualment), Escadarcs, Estoll, Soriguerola, el mas de l’Escloper, el mas de Santes Creus, i el mas de Soriguera; del segon, els de Queixans, Les Pereres, el mas Montagut, el molí de l’Anglès i el mas d’Amunt.
Els atractius de la comarca i de Fontanals, en particular, han fet créixer també el nombre d’habitants que l’han escollit com a segona residència.